La isla es una de las zonas del planeta con mayor biodiversidad, repartida entre los diferentes ecosistemas de la isla: manglares, cavernas, pantanos y diferentes tipos de bosques. También cuenta con una zona montañosa en el interior, una columna vertebral que recorre la isla donde se alcanzan los cuatro mil metros de altitud.
Multitud de especies animales y vegetales habitan en Borneo, algunas hasta ahora desconocidas, pero de entre todos, la isla es famosa por ser el hábitat del Orangután de Borneo, una especie nativa de la isla que cuenta con más de cuarenta mil ejemplares. Este primate, procedente de las islas Malasia e Indonesia, es uno de los más amenazados del planeta y vive en libertad únicamente en las islas de Borneo y Sumatra.
Se caracteriza por su pelo rojizo y por vivir prácticamente sobre los árboles. Son animales pacíficos e inteligentes, pero la codicia y la voracidad del ser humano, los ha puesto en peligro de desaparecer.
A partir de la década de los años ochenta, la isla de Borneo sufre una progresiva desforestación. Más de la mitad de sus bosques ha desaparecido víctima de incendios malintencionados y de la tala descontrolada para comercio maderero y explotaciones forestales de palma de aceite. Además, la caza furtiva indiscriminada y la captura de crías de orangután para venta ilegal de mascotas, se suman a los peligros a los que debe enfrentarse este apacible simio para su supervivencia. En los últimos cincuenta años, el número de orangutanes que habitan en Borneo se redujo a la mitad.
Además, parte de los bosques y otras áreas de la isla han sido declaradas zonas protegidas. Sin embargo, ni los orangutanes ni los bosques de Borneo se encuentran realmente a salvo. Solo la educación en el respeto y la conciencia por preservar la naturaleza podrá, algún día, poner fuera de peligro a estos tesoros del planeta.