En 1963, un habitante de esta ciudad troglodita de la Anatolia central, vio como una de sus gallinas desaparecía por una grieta abierta en su vivienda, por lo que empezó a cavar y descubrió un túnel que descendía entre escombros. Decidió bajar para saber adónde conducía y fue entonces cuando descubrió una especie de ciudad subterránea, llena de túneles, escaleras, estancias y pasadizos.
Arqueólogos e investigadores acudieron a la zona y comenzaron a estudiar el lugar, descubriendo que se trataba de una auténtica ciudad sumergida, con más de veinte niveles de profundidad, aproximadamente unos 85 metros, hasta donde se ha llegado con las excavaciones. Solamente los ocho primeros están abiertos al público y hasta la fecha, se desconoce su origen y el motivo de ser toda una ciudad de más de 4 km2 enterrada bajo la superficie.
Tampoco se tienen datos certeros sobre su antigüedad. El primer piso parece haber sido cavado por el pueblo de los Hititas, 1.400 a. C, y tanto éste como otros niveles, parecen haber sido ocupados por diferentes civilizaciones posteriores para defenderse en momentos en los que su seguridad se veía comprometida por pueblos invasores. De hecho, los accesos principales podían sellarse con piedras circulares de 50 centímetros de grosor y más de 500 kg de peso.
No existen documentos ni textos que aclaren estas incógnitas, pero ya en el siglo V a. C., el historiador griego Jenofonte hablaba de estas ciudades subterráneas en la zona de Anatolia.
La ciudad subterránea se abastece de un río subterráneo y cuenta con todo un sistema de ventilación formado por 52 pozos y más de 15.000 conductos que proporcionaban aire fresco al interior.
También se encontró un túnel de más de 8 kilómetros de longitud que unía ésta con otra ciudad subterránea llamada Kaymakli.
En la ciudad subterránea de Derinkuyu existen varias iglesias, una de ellas con una nave de 60 metros de longitud y bóvedas policromadas, que demuestran que los cristianos también ocuparon y habitaron estas cuevas para refugiarse de sus perseguidores.
El misterio está aún sin descubrir, pero la visita a esta ciudad sumergida es casi obligatoria si viajas por Turquía.